1. Obrada dubokih rupa je u zatvorenom ili poluzatvorenom stanju, tako da se stanje rezanja alata ne može izravno promatrati.
2. Toplinu rezanja nije jednostavno širiti. Općenito, 80% topline rezanja oduzima se iverjem u procesu rezanja, dok samo 40% buši duboke rupe. Alat za rezanje čini velik udio topline za rezanje. Lako ga je difuzno kasno i pregrijati, a vrhunska temperatura može doseći 600 stupnjeva. Stoga se mora usvojiti prisilna i učinkovita metoda hlađenja.
3. Čips nije lako isprazniti. Zbog dubine rupe i dugog puta čipa, lako ga je blokirati, što dovodi do loma bita. Stoga treba kontrolirati duljinu i oblik iverja i provesti obvezno uklanjanje iverja.
4. Krutost procesnog sustava je loša. Zbog ograničenja veličine rupe, omjer promjera duljine rupe je velik, cijev za bušenje je tanka i duga, krutost je loša, lako je proizvesti vibracije, a rupa za bušenje lako odstupa, tako da vrlo je važno podržati i voditi.
Da bi se svrdlo ispravno uvelo u svrdlo, obično se usvaja način obrade rupe za vođenje na izratku ili upotreba vodilne čahure, prva se koristi za obradu jednog komada, a druga za serijsku proizvodnju. Pogreška bušenja duboke rupe uzrokovana je razmakom između nastavka i vodilne čahure (vodeća rupa) i povećava se s porastom aksijalne sile. Utjecaj zazora između vodilne čahure i nastavka na pogrešku bušenja. Na početku bušenja radijalna sila pritiska blok vodilice za bit na zid rupe vodilne čahure. Zbog razmaka između njih, središte nastavka odstupa od središta rotacije obratka. Trenutno je promjer izbušene rupe manji od promjera klina. Kad blok vodilica počne ulaziti u obrađenu rupu, pod djelovanjem zida rupe s nešto manjim promjerom, vanjski rub se istiskuje prema van, tako da je središte svrdla pomaknuto u suprotnom smjeru od središta rotacije obratka, tako da se promjer rupe proširi, a trenje između vodilice i zida rupe stisne, tako da se moment okretanja brzo povećava.
